Was TrueCrypt besonders sicher macht, ist das plausible-deniability Konzept. D.h. es ist sehr schwierig, die Existenz von verschlüsselten Daten nachzuweisen. Um dieses zu erreichen, gibt es zwei Möglichkeiten:

1. TrueCrypt Container (Volumes) sind Dateien, die vertrauliche Daten enthalten, haben aber keinen eigenen Dateiheader und bestehen nur aus Zufallszahlen. Sie unterscheiden sich also nicht von normalen Partitionen oder Dateien. Angreifer werden hier jedoch Daten vermuten.

2. Hidden Volumes können innerhalb eines Containers versteckt werden. D.h. wird die Container Datei entschlüsselt, bleiben die versteckten Daten für den Angreifer unsichtbar und nur ein paar „Alibi“ Daten können gelesen werden.

Ab Version 3.1 unterstützt TrueCrypt auch einen Traveller Mode. D.h. die Software muss nicht mehr zwingend auf dem Computer lokal installiert werden.